หน่วยตรวจสอบภายใน ถือปฏิบัติตามหลักเกณฑ์กระทรวงการคลังว่าด้วยมาตรฐานและหลักเกณฑ์ปฏิบัติการตรวจสอบภายในสำหรับหน่วยงานของรัฐ พ.ศ. 2561 และที่แก้ไขเพิ่มเติม ประกอบระเบียบสำนักงานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติว่าด้วยคณะกรรมการตรวจสอบ พ.ศ. 2564 โดยคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติจะแต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบของสำนักงานคณะกรรมการ  สิทธิมนุษยชนแห่งชาติ และให้หน่วยตรวจสอบภายในขึ้นตรงต่อคณะกรรมการตรวจสอบ การบริหารงานทั่วไปของหน่วยตรวจสอบภายใน ให้หน่วยงานตรวจสอบภายในขึ้นตรงต่อเลขาธิการคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ สำหรับการพิจารณาแต่งตั้ง โยกย้าย ถอดถอน เลื่อนขั้น เลื่อนตำแหน่ง และประเมินผลงานของผู้อำนวยการหน่วยตรวจสอบภายในให้คณะกรรมการตรวจสอบให้ข้อเสนอแนะการพิจารณาแต่งตั้ง โยกย้าย ถอดถอน เลื่อนขั้น เลื่อนตำแหน่ง และประเมินผลงานของผู้อำนวยการหน่วยตรวจสอบภายในต่อคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ ทั้งนี้ สำนักงานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติอาจกำหนดให้เลขาธิการคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติมีส่วนร่วมในการพิจารณาด้วยก็ได้