หน่วยตรวจสอบภายใน เป็นหน่วยงานในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ ตามประกาศ คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติเรื่องการแบ่งส่วนราชการภายในและขอบเขตหน้าที่และอำนาจของส่วนราชการในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ พ.ศ. 2561 และที่แก้ไขเพิ่มเติม ซึ่งสอดคล้องกับพระราชบัญญัติวินัยการเงินการคลังของรัฐ พ.ศ. 2561 มาตรา 79 โดยปฏิบัติหน้าที่ตามมาตรฐานการตรวจสอบภายในสำหรับหน่วยงานของรัฐ ประกอบหลักเกณฑ์กระทรวงการคลังว่าด้วยมาตรฐานและหลักเกณฑ์ปฏิบัติการตรวจสอบภายในสำหรับหน่วยงานของรัฐ พ.ศ. 2561 และที่แก้ไขเพิ่มเติม